水源保护区整治难以一步到位。由于各种各样的原因，水源保护区一、二级保护区有的仍有大量居民生产生活，有的还存在一些建设项目和排污口没有一步清理、整治到位。 （巩义佳洁纤维球）
    如天津市于桥水库，由于历史和现实多方面原因，一级保护区内约两万居民尚未迁出；山西省临汾市霍泉水库一级保护区内有广胜寺风景旅游区，属于历史人文类型旅游开发项目，无法拆除或关闭；许多水源地虽取缔了一级保护区内网箱养殖项目，但二级保护区内仍有大量网箱存在，有的有旅游项目。由于其生产经营活动归农林水利或旅游部门管辖，如何确保其不对水体产生污染，对环保部门提出了挑战。
    乡镇和农村水源地保护及环境监管相对滞后。督查发现，与城市集中式饮用水水源地相比，乡镇和农村水源地保护刚刚起步，环境监管相对滞后。一是乡镇饮用水水源保护区划定工作滞后。据环境保护部污防司公开材料，目前我国27.3％的典型乡镇饮用水水源地尚未划分保护区，划分且已批复的水源保护区仅占水源地总数的24.8％；二是乡镇饮用水水源保护区标志设施建设缺口较大，58.7％的典型乡镇饮用水水源保护区尚未设置任何标志设施；三是乡镇饮用水水源地常规监测点位设置严重不足。2008年数据显示，全国仅有14％的典型乡镇饮用水水源地设有常规监测点；四是没有建立有效的环境监管机制。乡镇和农村水源地环境监管还缺乏完善的污染事故应急处置和环境应急预案等环境管理机制，水质监测及信息发布能力薄弱。如长治市长子县申村水库的主管部门为水库管理局，饮用水取水、农田灌溉由水利局负责，水产养殖由农业局负责，旅游开发由旅游局负责，这些都是当地政府积极扶持的项目，县环保局统一监管职能偏弱，监管能力和水平有待进一步提高。
    农村面源污染难以有效监管和治理。集中式饮用水水源地绝大部分处于农村地区，在其划定的保护范围内，建设项目、排污口整治由于责任主体容易明确，环保部门开展监管和整治取缔工作相对容易一些，也做了大量工作，取得了明显成效。但对位于保护区内的农村来讲，农村生活污水和生活垃圾治理、卫生厕所改造、农业生产过程中的农药和化肥污染防治、畜禽养殖(主要是专业户、散养密集区)污染防治等方面的污染治理，由于面源污染涉及众多分散的农户、农村居民，还涉及农业生产模式升级、新农村建设等大的社会背景，仅仅依靠环保部门开展这些工作难度很大。
    水源地保护与旅游开发存在一定矛盾。北方地区由于水资源特别是地表水资源缺乏，河流、湖泊、水库不但成为地方的供水水源，更因其风景观赏及旅游等特殊价值，成为周边居民游览休闲目的地，因此也成为各地竞相开发的对象。如山西省临汾市霍泉水库一级保护区内有广胜寺风景区，运城市白沙河一级保护区内有夏县瑶台山旅游风景区，内蒙古自治区包头市昆都仑水库水源地二级保护区内有滑道、滑翔飞艇、急流漂筏等旅游项目。一方面，搞旅游开发可以带来直接利益；另一方面，饮用水水源保护不容闪失，旅游开发给水源地保护监管造成了很大压力。